取水许可证及取水许可申请书的格式，由（）统一制作。

选项解析：

A. 国务院水行政主管部门：国务院水行政主管部门是指国家水利部，作为中央政府的职能机构，负责全国范围内水利行业的行政管理，包括制定取水许可相关的规章制度。

B. 省级以上水行政主管部门：这指的是省、自治区、直辖市的水利厅（局），它们负责各自行政区域内的水利管理工作，但通常不负责全国性的规范性文件制定。

C. 县级以上水行政主管部门：这包括县、市、区级的水利部门，主要负责本地区的水利管理工作，不具备制定全国统一格式文件的权限。

D. 国家计委：国家计委（国家发展和改革委员会）主要负责宏观经济管理，包括国家发展战略、规划和政策的制定，不直接负责水利行业具体业务的规范性文件制定。

为什么选这个答案：

选择A是因为取水许可证及取水许可申请书作为全国统一使用的规范性文件，其格式需要在全国范围内统一，以确保法律效力和行政管理的规范性。因此，由国务院水行政主管部门，即国家水利部统一制作是最合适的。国家水利部有权制定全国性的水利行业管理规范，而其他选项中的部门要么权限不够（B、C），要么不直接负责该项具体工作（D）。所以正确答案是A。