整治航道，应当符合江河、湖泊防洪安全要求，并事先征求（）的意见。

这道题考查的是对航道整治过程中需要遵循的规定以及涉及的相关管理部门的理解。

解析如下：

A. 环境保护部门：虽然航道整治可能会影响环境，但环境保护部门并不是直接负责航道整治工作的主要部门，因此不符合题目要求。
B. 流域管理机构：流域管理机构通常负责整个流域内的水资源管理和调配工作，包括防洪、灌溉、供水、发电等方面，航道整治必然涉及流域的整体规划和管理，因此该选项是合理的。
C. 水行政主管部门：水行政主管部门确实也涉及到水域管理，但是在具体的航道整治过程中，流域管理机构的意见更为直接相关。
D. 防汛指挥机构：虽然航道整治需考虑防洪安全，但是直接对航道整治提出意见的主要还是流域管理机构，而非防汛指挥机构。

根据以上分析，正确答案是 B. 流域管理机构。航道整治活动应当考虑到对整个流域的影响，所以按照规定，必须事先征求流域管理机构的意见以确保活动符合江河、湖泊的防洪安全和其他水资源管理的要求。