设置入河排污口对水功能区影响（），经有管辖权的县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管 理机构同意,可以不编制入河排污口设置论证报告,只提交设置入河排污口对水功能区影响的简要分析材料。

解析：

本题考察的是水利工程管理中关于入河排污口设置的规定及其对水功能区影响程度的评估。

A选项“（A）轻微”：此选项仅表达了“轻微”的影响，但题干中明确提到需要提交的是“简要分析材料”，而“轻微”可能不足以全面反映影响情况，因为即便是轻微影响，也需要一定的分析和说明。

B选项“（B）明显轻微”：此选项在“轻微”的基础上增加了“明显”的修饰，意味着这种影响虽然轻微，但足以被明确识别并需要一定的分析材料来阐述。这与题干中“经有管辖权的县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构同意,可以不编制入河排污口设置论证报告,只提交设置入河排污口对水功能区影响的简要分析材料”的描述相吻合，即影响虽小但明确，故需简要分析。

C选项“（C）略微严重”：此选项表达的影响程度已经超出了“轻微”的范畴，而题干中明确说明是在影响“轻微”的情况下可以简化程序，因此此选项不符合题意。

D选项“（D）严重”：此选项表达的影响程度最为严重，与题干中“轻微”的设定相悖，故不选。

综上所述，B选项“（B）明显轻微”最符合题干要求，因为它既表达了影响的轻微性，又强调了这种影响的明确性和需要进行分析的必要性。