开发、利用、节约、保护水资源和防治水害，应当全面规划、统筹兼顾、标本兼治、综合利用、讲求效益，发挥水资源的（）功能，协调好生活、生产经营和生态环境用水。

选项解析：

A. 多种 - 这个选项意味着水资源在开发、利用、节约和保护的过程中，应当发挥其多种功能，包括提供生活用水、支持生产经营和维持生态环境平衡等。

B. 特殊 - 如果选择“特殊”，则侧重于水资源的某一特定或异常的功能，这与水资源管理的全面性和兼顾性原则不符。

C. 有效 - 虽然强调效率是重要的，但仅强调“有效”可能忽略了水资源功能的多样性和综合性。

D. 综合 - 虽然与题干中的“综合利用”有相似之处，但“综合”功能并不如“多种”功能那样明确地强调水资源的多功能性。

为什么选择A： 选择A（多种）是因为，根据《中华人民共和国水法》的规定，水资源管理应当遵循全面规划、统筹兼顾、标本兼治、综合利用、讲求效益的原则。这里“多种”功能最准确地体现了水资源在生活、生产经营和生态环境中的多重角色和作用。因此，在水资源管理中，不仅需要考虑水资源的直接使用价值，还要考虑其间接使用价值和生态价值，确保水资源在各个方面的合理分配和使用，从而实现水资源的可持续利用。选项A最符合这一管理原则。