跨流域调水,应当进行全面规划和科学论证,统筹兼顾调出和调入流域的用水需要,防止对（）造成破坏。

解析这道题目时，我们首先要明确题目考察的是跨流域调水工程应该考虑的主要因素。跨流域调水是一项复杂的水利工程，它涉及到水资源的重新分配，因此必须全面考虑其对调出流域和调入流域的多方面影响。

现在我们来逐一分析各个选项：

A. 生态和环境：跨流域调水工程会直接影响调出流域和调入流域的水文循环、水资源分布等，进而可能对当地的生态环境造成显著影响。例如，调出流域可能因水量减少而面临生态退化，而调入流域则可能因水量增加而引发新的环境问题。因此，全面规划和科学论证时必须充分评估并防止对生态和环境造成破坏。

B. 交通：虽然大型水利工程可能会对周边交通造成一定影响，如施工期间的道路封闭、交通管制等，但这些影响通常是暂时的，且可以通过合理的交通组织和管理来减轻。此外，跨流域调水工程本身并不直接以改善或破坏交通为目的，因此交通不是本题考察的重点。

C. 通信设施：通信设施与跨流域调水工程无直接关联。除非在极端情况下（如施工不慎导致通信线路损坏），否则跨流域调水工程不太可能对通信设施造成显著影响。因此，这个选项不符合题目要求。

D. 农业：农业确实会受到水资源分布变化的影响，但跨流域调水工程的主要目的是在水资源分布不均的情况下进行水资源的重新分配，以满足不同地区的用水需求。在规划和实施此类工程时，虽然会考虑对农业的影响，但更主要的是关注其对生态和环境的长远影响。此外，通过合理的灌溉管理和水资源分配，可以最大限度地减轻对农业的不利影响。

综上所述，跨流域调水工程应当全面规划和科学论证，以防止对生态和环境造成破坏。因此，正确答案是A项（生态和环境）。