县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构应当按照水功能区对水质的要求和水体的自然净化能 力,核定该水域的纳污能力，向环境保护行政主管部门提出该水域的（）意见。

选项解析：

A. 治污措施：这一选项指的是具体的污染治理方法，而题目要求的是水行政主管部门或流域管理机构应向环保部门提出的关于水域管理的“意见”，并非直接提供治理措施。

B. 水质达标：虽然水质达标是最终目标，但这个选项没有直接指出管理部门应采取的具体管理措施或意见。

C. 限制排污总量：这个选项直接关联到水行政主管部门或流域管理机构根据水域的纳污能力提出的管理意见，即通过限制排污总量来保障水功能区的使用要求和水体自净能力。

D. 排污总量限制：这个选项与C选项相似，但“限制排污总量”通常是指对污染源头的总量控制，是一个具体的管理措施，而题目要求的是提出“意见”。

为什么选择C：

选择C的原因在于，根据《中华人民共和国水污染防治法》等相关法律法规，水行政主管部门或流域管理机构需要根据水功能区的用途、水质要求和自净能力，核定水域的纳污能力，并向环保部门提出限制排污总量的意见。这是实现水污染控制、保障水环境质量的重要管理手段。选项C“限制排污总量”正是这一管理职能的体现，符合题目的要求。因此，正确答案是C。