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有医疗废物管理条例第47条第48条第49条第51条规定的情形，医疗卫生机构造成传染病传播的，由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门依法处罚，并由原发证的卫生行政主管部门暂扣或者吊销执业许可证件，造成环境污染事故的，由生态环境主管部门依照固体废物污染环境防治法有关规定予以处罚，并由原发证的卫生健康主管部门暂扣或者吊销执业许可证件。
有关行政许可的规定应当公布；未经公布的，不得作为实施行政许可的依据。行政许可的实施和结果，应当一律公开。
有《医疗废物管理条例》第四十七条、第四十八条、第四十九条、第五十ー条规定的情形，医疗卫生机构造成传染病传播的由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门依法处罚并由原发证的卫生行政主管部门暂扣或者吊销执业许可证件；造成环境污染事故的，由生态环境主管部门依照《固体废物污染环境防治法》有关规定予以处罚，并由原发证的卫生健康主管部门暂扣或者吊销执业许可证件。
依据2014年修订的《环境保护法》，对企业环境违法行为可以做出限期治理的处罚
医疗卫生机构在内运送过程中将医疗废物混入其他废物和生活垃圾的，由地方人民政府生态坏境主管部门责令限期改正，给予警告，并处5000元以上1万元以下的罚款（）
医疗卫生机构未将医疗废物按照类别分置于专用包装物或者容器的，由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门责令限期改正，给予警告，可以并处5000元以下的罚款，逾期不改正的，处5000元以上3万元以下的罚款。
医疗卫生机构未将医疗废物，按照类别分置于专用包装物或者容器的，由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门责令限期整改证，给予警告，并处5000元以下的罚款，逾期不改正的，处5000元以上三万元以下的罚款。
医疗卫生机构未建立、健全医疗废物管理制度的，由地方人民政府生态环境主管部门责令限期改正，给与警告。
医疗卫生机构未按照《医疗废物管理条例》的规定，对污水、传染病病人或者疑似传染病病人的排泄物,进行严格消毒的,由地方人民政府生态环境主管部门责令限期改正，给予警告,并处5000元以上10000元以下的罚款。
医疗卫生机构对医疗废物进行登记或者未保存登记资料的，由地方人民政府生态环境主管部门责令限期改正，给予警告。
