水工建筑物的特别检查是在（）进行。

本题考察的是水工建筑物特别检查的时机。

选项A（每年汛前）：这是水工建筑物的正常检查或定期检查的时间点之一，旨在确保工程在汛期的安全，但并非特别检查，故A错误。

选项B（每年汛后）：汛后检查同样属于常规或定期检查的一部分，用于评估工程在汛期的表现及可能的损坏情况，并非特别检查，故B错误。

选项C（用水期前后）：这个选项并未明确指向水工建筑物的特定检查类型。用水期前后的检查可能涉及水资源的调配和管理，但并不特指特别检查，故C错误。

选项D（当工程发生严重破坏现象或有重大怀疑时，组织专门力量进行的检查）：这完全符合特别检查的定义。特别检查是在工程出现异常情况或重大疑问时，为了深入了解工程状况、评估安全风险而进行的专项检查，需要组织专门力量进行，故D正确。

综上所述，正确答案是D。