交叉建筑物倒虹吸管一般是从河道的（）通过的。

选项解析：

A. 上部：倒虹吸管若设置在河道上部，则很难实现水的自然流动，因为水需要克服重力和河道坡度，不符合倒虹吸管利用重力差进行输水的原理。

B. 水中：虽然倒虹吸管与水有关，但是设置在水中不利于维护，且容易受到河道水流速度、水位变化等影响，不是一个稳定的设置位置。

C. 河底以下：这是正确的答案。倒虹吸管一般设计在河底以下，利用地形高差产生的压力差，使水可以跨越河道从一侧流向另一侧，既不影响河道行洪，也便于隐蔽安装和维护。

D. 空中：将倒虹吸管设置在空中，需要额外的支撑结构，而且水在空中流动需要额外的能量输入，不符合经济和实用的原则。

为什么选C：倒虹吸管的设计初衷是为了在不妨碍河道正常功能的前提下，实现水的跨越传输。将倒虹吸管设置在河底以下，可以利用地形高差，通过管道实现水的自然流动，无需额外的能量输入，同时避免了对河道行洪的影响，也保护了管道不受外界损害，是一种经济、高效且实用的设计方式。因此，正确答案是C.河底以下。

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