某县的甲公司未经漫画家乙许可，将其创作的一幅漫画作品作为新产品的商标使用，并于2003年3月3日被核准注册。乙认为其著作权受到侵害，与甲发生纠纷。乙应当采取下列哪种方式保护自己的合法权益？（）

解析：①由于2013年新的《商标法》颁布，本题已无解，故将原题B、C、D选项的“请求撤销甲公司的注册商标”均修改为”请求宣布甲公司的注册商标无效”②《著作权纠纷解释》第2条规定：“著作权民事纠纷案件，由中级以上人民法院管辖。各高级人民法院根据本辖区的实际情况，可以确定若干基层人民法院管辖第一审著作权民事纠纷案件。”由此可见，乙认为其著作权受到侵害时，可以向被告所在地即甲公司所在地的中级人民法院提起诉讼，而基层法院原则上无管辖权，故A选项错误。③《商标法》第32条规定：“申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。”第45条规定：“已经注册的商标，违反本法第十三条第二款和第三款、第十五条、第十六条第一款、第三十条、第三十一条、第三十二条规定的，自商标注册之日起五年内，在先权利人或者利害关系人可以请求商标评审委员会宣告该注册商标无效。对恶意注册的，驰名商标所有人不受五年的时间限制。”由此可见，有权宣布商标无效的主体为商标评审委员会，而非法院或商标局。本题中，甲公司未经漫画家乙许可，将其创作的一幅漫画作品注册为商标，侵犯了乙的著作权，乙依法有权请求商标评审委员会宣告该注册商标无效。故C选项正确，而B、D选项错误。D综上所述，本题的正确的为C。