由清算中心开立的保证金账户有（）。

根据提供的信息，正确答案是A和D，即“信用证保证金”和“保函保证金”。这意味着在该清算中心开立的保证金账户中，至少包括了信用证保证金和保函保证金这两类。 - **A: 信用证保证金**：这是指企业在申请开立信用证时按照一定比例存入银行的保证金。银行为了控制风险，在为企业开立信用证之前会要求企业预先缴纳一部分资金作为信用证保证金。 - **D: 保函保证金**：当企业或个人向银行申请出具保函时，需要提供一定的资金作为保证金，以确保在发生违约或其他需赔付的情况时能够有足够的资金履行承诺。 选项B和C则不在正确答案之列： - **B: 担保公司保证金**：这通常是指担保公司在为其客户提供担保服务时需要存放在特定机构的保证金，并不直接由清算中心开立。 - **C: 银票保证金**：虽然银行承兑汇票业务中也会涉及保证金，但题目中并未将其列为由清算中心开立的账户之一。 因此，最终答案为：**AD**。