位于M市A区的甲公司，2022年1月该公司所在行政区划经各级政府批准，A区行政区划由M市变更为Q县管辖。根据现行城市维护建设税政策规定，甲公司自2022年2月起适用城市维护建设税税率5%，并于2022年3月纳税申报期按5%税率申报缴纳城市维护建设税（）。

根据《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）第四条规定，城市维护建设税纳税人按所在地在市区、县城、镇和不在上述区域适用不同税率。市区、县城、镇按照行政区划确定。行政区划变更的，自变更完成当月起适用新行政区划对应的城建税税率，纳税人在变更完成当月的下一个纳税申报期按新税率申报缴纳。城建税法第四条规定，纳税人所在地在县城、镇的，适用税率5%。因此，甲公司自2022年1月起适用城市维护建设税税率5%，并于2022年2月纳税申报期按5%税率申报缴纳城市维护建设税。