依据《中国石化生产变更安全管理规定》建设项目因施工需要导致设计的变更按《中国石化建设项目设计安全管理办法》执行，变更程序可以不参照此规定。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861），设备设施的设计不符合人类工效学属于物的因素。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861），违反劳动纪律属于管理因素。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861），设备设施安全间距不足属于防护缺陷。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861），高架罐二层平台安全护栏无踢脚板属于物的因素。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861）中的危险和有害因素分类，有害光照属于环境因素。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861），真菌、细菌、病毒都属于生物性危险和有害因素。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861）中的危险和有害因素分类，压驱作业现场仅设置一个紧急集合点属于环境因素。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861）中的危险和有害因素分类，心理、生理性危险和有害因素属于管理因素。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861）进行危险有害因素辨识，某公司主要负责人发生变更，其安全生产许可证超期未进行变更属于管理因素。

根据《生产过程危险和有害因素分类与代码》（GB/T13861），物的因素包括物理性危险有害因素、化学性危险有害因素和生物性危险有害因素。