9月30日晚上,城关派出所接指挥中心110报警称: 辖区夜美KTV有人进行卖淫嫖娼活动。城关派出所民警立即 出警,现场抓获卖淫嫖娼人员10余人,关于城关派出所民警对违法人员及KTV包房检查,下列说法正确的是( )。

这是一道涉及警务操作规范的选择题，我们需要根据相关的法律规定和警务实践来判断每个选项的正确性。

首先，我们梳理一下题目中的关键信息：

城关派出所接到报警，称某KTV存在卖淫嫖娼活动。
民警现场抓获了多名涉嫌卖淫嫖娼的人员。

接下来，我们逐个分析选项：
A选项（由一名民警带领两名辅警进行检查）：通常，执行检查任务需要足够的警力以确保安全和有效性，但更重要的是，根据相关规定，进行此类检查通常需要正式民警，并且人数和资质要符合规定。仅由一名民警带领辅警可能不符合规定的检查程序。此选项不正确。

B选项（检查需县级以上公安机关开具的检查证）：根据我国相关法律规定，进行某些特定类型的检查（如涉及个人隐私、商业秘密等）时，通常需要事先获得合法授权，如检查证。这是确保检查行为合法性和正当性的重要步骤。此选项正确。

C选项（对卖淫妇女进行性病检查时，应当由女医师进行）：虽然在实际操作中，由同性别的医师进行检查可能更为恰当和尊重个人隐私，但这一规定并非法律强制性要求，且题干中并未提及性病检查的具体执行人员要求。此选项并非直接相关于检查程序的合法性或规范性要求。此选项不正确。

D选项（检查时要进行清场，把所有工作人员都赶出去）：清场可能是为了确保检查过程的顺利进行和避免干扰，但将所有工作人员都赶出去可能并非必要或合理的做法，特别是当这些工作人员能提供必要协助或信息时。此外，这种做法也可能引发不必要的冲突或误解。此选项不正确。

综上所述，B选项（检查需县级以上公安机关开具的检查证）是符合相关法律规定和警务实践要求的正确答案。它确保了检查行为的合法性和正当性，是处理此类案件时的必要程序。

因此，答案是B。