5.生产经营单位新建、改建、扩建工程项目的( )，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用。

选项解析：

A. 通风设施：通风设施对于煤矿来说是极其重要的，它关系到矿工的呼吸健康和矿井的安全，但它不是新建、改建、扩建工程项目必须与主体工程同时设计、施工、投入生产和使用的规定内容。

B. 运输设施：运输设施是矿井生产中不可或缺的部分，负责煤炭和物资的运输，但它也不是上述规定中的必须内容。

C. 供电设施：供电设施对于矿井的运行至关重要，没有电力矿井无法正常运作，但同样，它不是必须与主体工程同时设计、施工、投入生产和使用的规定内容。

D. 安全设施：安全设施包括各种用于保障生产和工作人员安全的设备、系统等，它直接关系到生产安全。根据我国《安全生产法》及相关法律法规的规定，生产经营单位新建、改建、扩建工程项目的安全设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用。这是为了确保工程项目在设计和建设阶段就充分考虑到安全生产的需要，避免后期因安全设施不完善导致的安全生产事故。

答案选择D的原因：根据《安全生产法》的要求，安全设施必须与主体工程同时设计、施工、投入生产和使用，这样可以最大限度地保障工程项目的安全生产条件，防止和减少安全生产事故。因此，正确答案是D。