根据《上海市危险性较大的分部分 项工程专家论证管理办法》,方案 由施工企业自行组织论证的，论证档案由()留存备查。

这道题目涉及到《上海市危险性较大的分部分项工程专家论证管理办法》，主要考察的是在施工过程中，论证档案的留存责任。

### 解析选项：

1. **设计单位 (A)**：
- 设计单位主要负责工程的设计工作，虽然他们在论证过程中可能提供设计相关的资料，但论证档案的留存并不是他们的责任。

2. **建设单位 (B)**：
- 建设单位是项目的发起方，负责项目的整体管理和资金投入，但在论证档案的具体留存上，他们并不直接负责。

3. **施工单位 (C)**：
- 施工单位是实际进行施工的单位，按照规定，他们需要自行组织论证，因此他们需要留存论证档案以备查。

4. **监理单位 (D)**：
- 监理单位负责对施工过程进行监督和管理，他们也会参与到论证的过程中，因此他们也需要留存相关的论证档案。

5. **监督机构 (E)**：
- 监督机构主要负责对施工过程的监督和检查，但并不直接参与论证的组织和档案的留存。

### 正确答案：
根据上述分析，正确的选项是 **C（施工单位）** 和 **D（监理单位）**。

### 深入理解：

想象一下，一个建筑项目就像是一场大型的音乐会。每个参与者都有自己的角色：

- **设计单位**就像是作曲家，负责创作出美妙的乐曲（设计方案）。
- **建设单位**就像是音乐会的主办方，负责安排场地、时间和资金。
- **施工单位**就像是乐队，负责演奏乐曲，他们需要确保每个音符都准确无误。
- **监理单位**就像是音乐会的指挥，确保乐队按照作曲家的意图演奏，并且在演出过程中保持节奏和和谐。
- **监督机构**则像是观众，虽然他们在场，但并不参与演奏或指挥。

在这个过程中，施工单位和监理单位需要记录下每一次排练和演出（论证档案），以便在未来的演出中进行参考和改进。

通过这个比喻，我们可以更好地理解各个单位在工程项目中的角色和责任，尤其是在论证档案的留存方面。