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农发行办理结售汇、外汇买卖业务、外币债券套期保值业务取得的收益，不需缴纳增值税
农发行向境外支付拆借、发债、同业代付利息（各外汇业务经办行办理海外代付业务所涉代扣代缴税款由总行扣缴）及系统使用费、评级费、发债费等符合源泉扣缴规定的费用，需代扣代缴企业所得税（税款如由农发行承担，计入相关成本、费用），通过“代扣代交税费—代扣代交企业所得税”核算。
接受境外单位或者个人在境内提供增值税应税服务或购买无形资产，且提供服务或出售无形资产的单位或者个人在境内未设有经营机构的，农发行需承担扣缴义务（税款如由农发行承担，计入相关成本、费用），非用于免税项目和集体福利等不得抵扣情形的，允许抵扣进项税。
针对先付款再取票的进项税额核算。付款后尚未取得增值税扣税凭证的，原则上采取挂账方式，暂不确认支出或费用。
发生退回货物、应税服务时，原增值税专用发票已做认证的，应将发票退回并作相应的会计分录。
非首次购买增值税税控专用设备，支付的价款不得在增值税应纳税额中抵减，但增值税普通发票可作为增值税抵扣凭证，其进项税额可从销项税额中抵扣。
首次购买增值税税控专用设备，按照支付的含税价格抵扣增值税应纳税额。
汇总纳税方式下，在每季度纳税申报期内，根据季度销项税额、进项税额、进项税额转出金额将“应交税费—应交增值税”相关明细科目余额结转到“应交税费—应交增值税—转出未交增值税”（或“应交税费—应交增值税—转出多交增值税”）。
其他税金主要包括农发行缴纳的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加、房产税、车船税、城镇土地使用税、契税、土地增值税、印花税、车辆购置税、耕地占用税、环境保护税以及代扣代缴的个人所得税等。
取得并在会计制度上按固定资产核算的不动产，以及发生的不动产新建在建工程及改扩建装修工程，其进项税额在发生当期一次性确认
