根据《上海市危险性较大的分部分项工程专家论证管理办法
》 ，方案由机构论证的，论证档案由 ( ) 分别留存。

**解析：** 根据《上海市危险性较大的分部分项工程专家论证管理办法》的相关规定，对于由机构组织论证的专项施工方案，其论证档案的管理和留存有明确的责任主体要求。 具体规定指出，论证结束后，论证档案应当由以下三方分别留存，以确保工程资料的可追溯性和监管的有效性： 1. **建设单位**（选项 B）：作为工程项目的主导方，需存档备查。 2. **施工单位**（选项 C）：作为方案的编制和实施主体，必须持有完整的论证档案以指导施工。 3. **监督机构**（选项 E）：作为政府或行业监管部门，需要留存档案以便进行安全监督和检查。 **注意区分：** * **论证机构**（选项 A）：虽然负责组织论证并出具报告，但根据该办法的具体条款，论证档案的主要留存责任方通常指向建设、施工及监督三方，论证机构自身会有工作底稿，但题目考察的是法规规定的“分别留存”的主要责任主体组合。 * **监理单位**（选项 D）：监理单位主要职责是审核方案并监督实施，虽然在实际工作中可能会复印或持有相关文件，但在该办法关于“论证档案留存”的特定条文表述中，通常不列为与建设、施工、监督并列的法定独立留存主体（或者其职责包含在建设单位的管理体系中，具体依最新条文解读，但标准答案通常依据法规原文指定的 BCE）。 因此，正确答案为 **B、C、E**。