村、社区党支部书记纳入( )备案管理.

选项解析：

A. 市级党委组织部：这一层级较高，通常负责市级行政区域内党组织的管理工作，对于村、社区党支部书记的具体管理通常不会直接到市级，因此不符合题意。

B. 县级党委组织部：根据中国共产党组织工作的相关规定，村、社区党支部书记的管理通常由县级党委组织部负责。这一层级既能确保管理的规范性，又能贴近基层实际，因此是正确答案。

C. 乡镇党委组织部：虽然乡镇党委与村、社区关系更为直接，但实际的备案管理权限通常在县级，乡镇党委组织部更多负责具体执行和初步审核。

D. 乡镇党委：这个选项虽然包含了组织部，但不如选项B具体，而且乡镇党委的职能更多体现在对本乡镇内重大事项的决策和领导，不直接负责党支部书记的备案管理。

选择B的原因是，根据党的组织原则和现行管理体制，村、社区党支部书记的备案管理是由县级党委组织部负责的。这样做有利于加强对基层干部的监督和管理，确保党的路线方针政策在基层得到有效贯彻执行。