企业对于微生物（如细菌、病毒、朊病毒等）的危害防控措施，可以采用清洁消毒、加热灭菌、低温贮存、添加防腐剂、建立不利于微生物生存繁殖的环境等措施，也可以加强源头控制，消除或降低原料带入产生的危害风险。

保健食品批生产记录应当按批号归档，保存至产品保质期后一年，保存期限不得少于两年。

不合格的保健食品物料和成品要单独存放，并及时按规定进行处置。

保健食品的原料和成品应当采用近有效期先发、先进先出的原则出库，贮存期内如有特殊情况应当及时复验。

保健食品批生产记录应当按批号归档，保存至产品保质期后半年，保存期限不得少于一年。

保健食品生产用水的制备、储存和分配应当能防止微生物的滋生和污染,储罐和输送管道所用材料应当无毒、耐腐蚀，明确储罐和管道的清洗、灭菌周期及方法。

保健食品生产企业每年应当进行生产用水的全项检验，对不能检验的项目，可以委托具有合法资质的检验机构进行检验。

保健食品原料目录，是指依照相关法律法规制定的保健食品原料的信息列表，应当包括原料名称、用量。

特殊食品都可声称具有保健功能。

清洗直接接触保健食品的生产设备内表面应当使用生活饮用水或纯化水。

应不定期对关键生产设备、空气净化系统、水处理系统、杀菌或灭菌设备等进行验证，验证结果和结论应有记录并留存。