2014年7月3日，银行现金柜员小周在办理一客户1000元人民币存款时，先用点钞机点了一遍，没有异常， 随后又手工清点了一遍，发现其中1张100元是假币，他当即让同事过来复核，经两人鉴别认定这是一张假币，再次放入点钞机，这张假币通过点钞机而不报警，随后两人将假币收缴，填制《假币收缴凭证》，然后将《假币收缴凭证》交顾客签字，后将假币实物和收缴凭证收入单独保管，办理完这笔现金存款后，又开始办理下一笔业务，直至营业终了。上述案例中，该金融机构操作违反规定的有

答案：ABC 解析：在这个案例中，银行柜员小周在办理客户的1000元人民币存款时发现1张100元是假币，并按规定进行了处理。根据选项，该金融机构操作违反规定的有： A. 未告知持币人如对被收缴的货币真伪有异议，可以在3个工作日内向中国人民银行当地分支机构或中国人民银行授权的当地鉴定机构申请鉴定：在题干中没有提到是否告知客户这一信息，所以不能确定是否违反规定。 B. 各商业银行使用的现钞处理设备如遇特殊情况要及时进行测试升级，对不能识别假币的设备，要督促生产厂家尽快进行升级，不能升级的停止使用：题干中没有提到设备的问题，所以不能确定是否违反规定。 C. 各商业银行使用的现钞处理设备如遇特殊情况要及时进行测试升级， 测试升级情况要有书面记录，以备查阅：在题干中没有提到是否进行了设备的测试升级以及是否有书面记录，所以不能确定是否违反规定。因此，答案为ABC。