支付清算差错业务处理过程中，有下列情形（ ）之一的，给予直接责任人、制约责任人经济处罚500-1000元；情节较重或造成不良后果的，给予警告至记过处分；情节严重或造成严重后果的，给予记大过至撤职处分。

题目要求根据支付清算差错业务处理过程中的情形进行惩罚。根据答案选项ABCD，可以得出以下解析： A选项指的是有疑不查、查而不复。这种情况涉及对差错业务进行处理时疏忽或敷衍，属于违规行为，因此给予经济处罚。 B选项指的是挂账业务未按规定及时退汇或擅自进行手工入账。这种情况涉及对挂账业务处理的违规行为，因此给予警告至记过处分。 C选项指的是差错业务处理时，柜员逆流程或通过其他违规手段提交相关业务处理申请。这种情况涉及通过违规手段进行差错业务处理申请，属于严重情节，因此给予记大过至撤职处分。 D选项指的是发生差错业务时，不以省联社的账务为准，擅自进行差错业务调整。这种情况涉及违规调整差错业务，属于严重情节，因此给予记大过至撤职处分。 综上所述，选项ABCD都属于支付清算差错业务处理中的违规行为，根据情节轻重给予不同的处罚。