根据《建设工程安全生产管理条例》，建设单位未将保证安全施工的措施或者拆除工程的有关资料报送有关部门备案的，责令( )，给予警告。

**解析：** 根据《建设工程安全生产管理条例》第五十四条的规定： > 违反本条例的规定，建设单位未将保证安全施工的措施或者拆除工程的有关资料报送有关部门备案的，**责令限期改正**，给予警告。 因此，对于建设单位未履行备案义务的行为，行政主管部门首先采取的措施是责令其在规定的期限内进行改正，并给予警告处罚。 * **A. 限期改正**：符合法规原文规定。 * **B. 停止施工**：通常适用于存在重大安全事故隐患且拒不整改等更严重的情形。 * **C. 缴纳罚款**：虽然某些违规行为会伴随罚款，但本条文明确规定的直接行政措施是“责令限期改正”和“警告”。 * **D. 暂扣施工许可证**：属于较严重的行政处罚，不适用于此类程序性违规的初始处理。 故正确答案为 **A**。