对盖有“假币”印章的人民币纸币，经鉴定单位鉴定为真币的，应()。

根据《中国人民银行假币收缴、鉴定管理办法》的相关规定，当被收缴人对收缴单位作出的有关收缴具体行政行为有异议，并申请鉴定后，经鉴定单位鉴定为真币的，处理流程如下： 1. **关于退还与兑换（选项 A）**： 鉴定单位应当将该币交收缴单位，由收缴单位按照面额兑换完整券退还给被收缴人。这是因为盖有“假币”印章的纸币虽然确认为真币，但已不再适合流通，不能直接原样退还，必须通过兑换完整券的方式保障持币人的权益。因此，**选项 A 正确**。 2. **关于凭证处理（选项 B）**： 既然鉴定结果为真币，说明之前的“假币收缴”行为基于错误判断，原《假币收缴凭证》失效。收缴单位在退还兑换后的完整券时，应当收回原出具的《假币收缴凭证》，以终结该次收缴行政行为的法律效力。因此，**选项 B 正确**。 3. **关于实物处理（选项 C）**： 对于盖有“假币”印章的真币，由于印章破坏了票面的完整性，影响了其正常流通功能，收缴单位在收回后，应按照残损人民币的处理规定进行上交和销毁，不得再次投入流通。因此，**选项 C 正确**。 4. **关于直接退还（选项 D）**： 盖有“假币”印章的人民币严禁直接交还被收缴人继续持有或使用，因为这会扰乱货币流通秩序，且带有误导性标记。必须经过“兑换完整券”的程序。因此，**选项 D 错误**。 综上所述，正确答案为 **A、B、C**。