原南第二建筑公司是原南友谊酒店扩建项目的总承包商，大政公司、大发公司是部分工程的分包商。原南第二建筑公司的董事长是张三，负责该项目的项目经理叫李四，王五是原南第二建筑公司的安全生产部门经理。()对原南第二建筑公司的安全生产负责。

根据《中华人民共和国安全生产法》及《建设工程安全生产管理条例》的相关规定，生产经营单位的**主要负责人**是本单位安全生产第一责任人，对本单位的安全生产工作全面负责。 在本题中： 1. **张三**作为原南第二建筑公司的**董事长**，属于该公司的法定代表人或主要负责人。因此，他依法对公司整体的安全生产工作负全面领导责任。 2. **李四**是项目经理，主要负责具体工程项目现场的安全生产管理，对项目的安全负责，而非对整个公司负责。 3. **王五**是安全生产部门经理，属于专职安全生产管理人员，负责具体的安全监督管理工作，协助主要负责人落实安全责任，但不承担全面领导责任。 综上所述，对原南第二建筑公司（企业法人层面）安全生产负责的是其主要负责人张三。 故正确答案为 **A**。