案例描述:2020年11月5日晚8时许,一辆装载圣女果、车货总质量17.2吨、整备质量11.2吨、核定载质量4.5吨的二型货车在某收费站下路时,车主要求免费,收费员不给予免费,司机对此有异议,坚称圣女果是绿通产品的一种,属于鲜活农产品。(2)判断该车是否免费的首要依据是()。

这是一道关于交通法规和鲜活农产品绿色通道政策理解的问题。我们需要分析各个选项，并找出判断货车是否享受免费通行政策的首要依据。

首先，我们梳理题目中的关键信息：

一辆装载圣女果的货车试图在收费站下路时免费通行。
货车为二型车，车货总质量、整备质量和核定载质量已知。
司机坚称圣女果是绿通产品，应享受免费政策。

接下来，我们分析各个选项：
A. 《鲜活农产品品种目录》：这个选项直接关联到鲜活农产品免费通行的核心标准。根据相关政策，只有列入《鲜活农产品品种目录》的农产品，在符合其他规定条件（如装载量、车辆类型等）的情况下，才能享受免费通行政策。因此，判断圣女果是否属于绿通产品，从而决定货车是否能免费通行的首要依据就是《鲜活农产品品种目录》。

B. 车厢容积率：虽然容积率是判断货车装载鲜活农产品是否符合免费条件的一个因素，但它并非首要依据。首先，需要确认装载的货物是否为绿通产品，然后再考虑其装载量（包括质量和容积）是否达标。

C. 装载货物质量占核定载质量的比率：同样，这个比率是判断装载量是否达标的一个标准，但并非首要判断依据。它需要在确认货物为绿通产品之后，才作为进一步判断的依据。

D. 车辆证件：车辆证件主要用于验证车辆的基本信息和合法性，与货物是否为绿通产品无直接关联，因此不是判断货车是否能免费通行的首要依据。

综上所述，判断该车是否免费的首要依据是确认装载的货物——圣女果是否属于《鲜活农产品品种目录》中的产品。因此，正确答案是A选项。