内部稽核主要由发行服务机构与高速公路经营管理单位组织开展,其中收费行为稽核与运营管理稽核主要由()开展。

本题考察的是对“内部稽核”中不同稽核类型执行主体的理解。

首先，我们需要明确题目中的关键信息：内部稽核由发行服务机构与高速公路经营管理单位组织开展，而特别指出了“收费行为稽核与运营管理稽核”的执行主体。

接下来，我们逐一分析选项：

A. 高速公路经营管理单位：这个选项与题目描述高度吻合。高速公路经营管理单位作为直接管理和运营高速公路的实体，负责收费站的日常运营和收费行为的管理，因此它们最适合开展收费行为稽核与运营管理稽核。

B. 部中心：此选项通常指的是更高级别的管理机构，可能负责跨地区或全国性的政策制定和监管，而非直接执行具体的稽核工作。

C. 省中心：虽然省中心也负责一定范围内的交通管理和监督，但相对于高速公路经营管理单位来说，其管理层次更高，更可能侧重于政策指导和宏观管理，而非具体的收费行为和运营管理的稽核。

D. 区域中心：这个选项可能指的是某个特定区域内的管理机构，但其管理范围和职责可能不如高速公路经营管理单位直接和具体。

综上所述，高速公路经营管理单位因其直接管理和运营高速公路的特点，最适合开展收费行为稽核与运营管理稽核。

因此，答案是A. 高速公路经营管理单位。