根据《关于军警免费车辆专用通道管理工作问题的通知》,各公路收费站必须严格遵守()关于收费站设置免费车道的有关规定。

本题考察的是对《关于军警免费车辆专用通道管理工作问题的通知》内容的理解。

选项A，国务院：虽然国务院是我国最高行政机关，负责全国性的政策和规定制定，但具体到公路收费站设置免费车道的细节性规定，往往不是由国务院直接发布的，而是由相关部门或地方政府根据国务院的总体政策进行细化。因此，A选项不符合题意。

选项B，省政府：在交通管理领域，特别是在地方公路收费站的设置和管理上，省政府通常会根据国家的法律法规和上级政府的要求，制定具体的实施细则。这些细则往往包括了对收费站设置免费车道的具体规定。因此，B选项符合题意。

选项C，省交通厅：虽然省交通厅是负责本省交通运输事务的政府机构，但在收费站设置免费车道的规定上，它更多是执行者而非制定者。这些规定通常由更高层级的政府机构（如省政府）制定并发布。因此，C选项不符合题意。

选项D，省公安厅：省公安厅主要负责维护社会治安和公共安全，与公路收费站设置免费车道的直接关联性不强。这类规定通常由与交通运输直接相关的政府部门制定。因此，D选项不符合题意。

综上所述，根据《关于军警免费车辆专用通道管理工作问题的通知》，各公路收费站必须严格遵守的是省政府关于收费站设置免费车道的有关规定。因此，正确答案是B。