根据《公路法》规定:政府还贷公路收费权出让的最低成交价、以()评估的价值为依据确定。

这是一道关于《公路法》具体条款的理解题。我们需要根据《公路法》的相关规定，判断哪个机构负责评估政府还贷公路收费权的最低成交价。

首先，我们分析题目并罗列出重要信息：

题目考察的是《公路法》中关于政府还贷公路收费权出让的评估机构。
需要确定哪个机构负责评估并确定最低成交价。

接下来，我们逐一分析选项：
A. 共有资产评估机构：此选项表述模糊，“共有”一词并未在《公路法》或相关法规中明确指向特定机构，且不符合政府还贷公路收费权评估的特定性和专业性要求，故排除。

B. 国有资产评估机构：根据《公路法》的相关规定，政府还贷公路的收费权属于国有资产。因此，其评估应由专业的国有资产评估机构进行，以确保评估的公正性和准确性。此选项与法律规定相符。

C. 国务院交通主管部门评估机构：虽然国务院交通主管部门在公路管理中扮演重要角色，但《公路法》并未明确规定其内设评估机构负责政府还贷公路收费权的评估，故排除。

D. 省、自治区、直辖市评估机构：此选项同样表述模糊，且未明确指出是何种类型的评估机构，且不符合《公路法》中关于国有资产评估的特定要求，故不选。

综上所述，根据《公路法》的相关规定，政府还贷公路收费权的评估应由专业的国有资产评估机构进行，以确保评估的公正、准确和合法。

因此，答案是B：国有资产评估机构。