ETC门架交易流水应实时上传至省中心,最晚不得超过多少个自然日。

解析：

本题考察的是ETC门架交易流水的上传时限规定。

首先，我们要明确ETC门架交易流水的重要性。ETC门架系统是高速公路电子不停车收费（ETC）系统的重要组成部分，它负责记录车辆通过ETC门架时的交易信息。这些交易信息需要及时、准确地上传至省中心，以便进行后续的费用结算、数据分析等工作。

接下来，我们逐一分析选项：

A选项（2个自然日）：这个时限过短，可能在实际操作中由于网络延迟、系统故障等原因导致无法按时上传，因此不太可能是正确答案。
B选项（3个自然日）：这个时限相对合理，既考虑到了上传的时效性，也预留了一定的缓冲时间以应对可能的突发情况。符合实际操作中的上传要求。
C选项（4个自然日）：这个时限过长，可能会导致交易信息延迟处理，影响高速公路的收费效率和用户体验，因此不太可能是正确答案。
D选项（5个自然日）：同样，这个时限也过长，不利于及时处理交易信息，故不选。

综上所述，ETC门架交易流水应实时上传至省中心，但考虑到实际情况，可能会存在一定的延迟。因此，最晚不得超过3个自然日上传是比较合理和可行的。所以，正确答案是B选项（3个自然日）。