通行费收入明细账下设两个二级科目分别是计算机发票收入和()收入。

选项解析：

A. 收费基金票据：这种票据通常指的是政府非税收入的一种凭证，与通行费直接收入关联不大，不是通行费收入明细账下的二级科目。

B. 定额票：定额票是指面额固定的票据，常用于公路通行费的收入记录中，是通行费收入明细账下的一个常见二级科目。

C. 通行费发票：虽然通行费发票与通行费直接相关，但在会计科目设置中，它通常不单独作为一个二级科目，而是与具体的收费方式如计算机发票收入结合在一起。

D. CPC卡：CPC卡（Prepaid Card for Closed Highway Toll Collection）是高速公路电子收费系统中使用的预付费卡，它是一种支付工具，而不是收入科目。

为什么选择B：

在这道题中，通行费收入明细账下的两个二级科目之一是计算机发票收入，这是电子化收费的一种形式。与之相对应的另一种常见收费方式就是使用定额票，即固定金额的纸质票据，用于手动收费或者快速通道的收费。因此，定额票收入作为与计算机发票收入相对应的另一种收费方式，是通行费收入明细账下的合理二级科目。所以正确答案是B. 定额票。