下列案件应当由设区的市一级公安机关管辖的是( )。

题目解析：下列案件应当由设区的市一级公安机关管辖的是( )。 这道题考察的是刑事诉讼法中的管辖原则，即根据案件的性质、地域等因素确定由哪个级别的公安机关管辖。 选项A中提到甲劫持B国民航客机，后潜入我国被抓获，这是一起涉及跨境的刑事案件，由于案件发生在设区的市内，根据刑诉法中的地域管辖原则，由设区的市一级公安机关管辖，因此选项A是正确答案。 选项B中提到外国人乙涉嫌盗窃案，该案件的嫌疑人为外国人，属于外国相关管辖原则，不属于设区的市一级公安机关的管辖范围，因此不是正确答案。 选项C中提到丙强奸、抢劫作案20余起，案件发生在设区的市内，但由于案件的性质属于严重的刑事犯罪，根据刑诉法中的案件性质管辖原则，应当由设区的市以上公安机关管辖，因此不是正确答案。 选项D中提到丁涉嫌非法集资5000万元，属于经济犯罪范畴，根据刑诉法中的案件性质管辖原则，由设区的市以上公安机关管辖，因此不是正确答案。 综上所述，选项A是本题的正确答案。