《铁路运输安全保护条例》规定，铁路机车车辆和自轮运转车辆的驾驶人员应当经（ ）考试合格后，方可上岗。

**解析：** 根据《铁路运输安全保护条例》的相关规定，铁路机车车辆和自轮运转车辆的驾驶人员属于特种作业人员，其资格认定具有严格的法定要求。 1. **法律依据**： 《铁路运输安全保护条例》明确规定：“铁路机车车辆和自轮运转车辆的驾驶人员应当经**国务院铁路主管部门**考试合格后，方可上岗。” 2. **选项分析**： * **A. 机务段**：机务段是铁路运输系统的主要行车部门，负责机车运用、检修等具体生产任务，不具备颁发国家级或行业级驾驶资格的行政职权。 * **B. 工务段**：工务段主要负责铁路线路、桥隧等基础设施的维修保养，与机车驾驶人员的资格考核无直接关系。 * **C. 安监室**：安监室（安全监察室）主要负责安全生产的监督检查和管理，虽然涉及安全管理，但不是法定的驾驶人员资格考试发证主体。 * **D. 国务院铁路主管部门**：即国家铁路局（原铁道部职能划转后），作为行业最高行政主管部门，负责制定行业标准、规范以及组织关键岗位人员的资格考核与认证。这是法律明确规定的考试合格认定机构。 因此，正确答案为 **D**。