进出场土石方运输车辆必须持有行政主管部门要求的证照，深圳市内的必须持两牌两证方可入场作业，两排两证包括机动车车辆号牌、档案号牌、（ ）、余泥渣土砂石运输车辆临时通行证

选项解析：

A. 司机驾驶证：这是驾驶员个人资质的证明，表明司机有合法驾驶相应车辆的资格，但它不是车辆能够进行运输作业的行政许可证。

B. 道路运输证：这是车辆从事道路运输经营活动的合法凭证，表明车辆有资格进行货物运输，是行政主管部门对车辆运输资格的认可。

C. 车辆行驶证：这是车辆合法上路的证明，包含了车辆的基本信息和技术参数，但它并不表明车辆有资格进行运输作业。

D. 车辆登记证：这是车辆所有权的法律证明，包含了车辆所有权、登记情况等基本信息，同样不涉及车辆运输资格。

为什么选B：

题目中提到的“两牌两证”是指与车辆作业资格相关的行政证照。根据题意，机动车车辆号牌和档案号牌是车辆的标识，而余泥渣土砂石运输车辆临时通行证是特定作业的临时许可。因此，所缺少的应当是证明车辆有资格进行道路运输的行政证照，即“道路运输证”。所以正确答案是B。道路运输证是车辆进行商业运输活动的必要行政许可证，证明了车辆具备合法运输的资格。