施工前根据图纸放出开挖边线，土方开挖时，根据放出开挖边线挖至设计标高上（）mm，余下土方采用人工挖除，承台开挖应用水准仪严格控制基底的标高，以防承台超挖

这是一道关于土方开挖施工控制的问题，主要考察在土方开挖过程中，如何准确控制开挖深度，以避免超挖或欠挖。我们来逐一分析选项：

A. 200mm：这个深度可能对于某些小型或精细的开挖工程来说是合适的，但在承台等大型土方开挖中，这个深度可能不足以确保机械开挖后的基底平整度，且后续人工修整的工作量可能仍然较大。

B. 300mm：这个深度是土方开挖中常用的预留深度。它允许机械开挖至接近设计标高，同时留下足够的余量供人工精细修整，以确保基底的平整度和标高控制精度，防止超挖。

C. 400mm：虽然这个深度也足够进行人工修整，但相对于300mm来说，它可能增加了不必要的人工劳动量，且在某些情况下可能增加了施工成本和周期。

D. 500mm：这个深度明显过大，会导致大量的人工修整工作，增加施工成本和难度，同时也不利于施工进度的控制。

综上所述，选择B选项（300mm）作为预留开挖深度是合理的。它既能确保机械开挖的效率，又能为后续的人工修整提供足够的空间，从而有效控制基底的标高和平整度，防止承台超挖。

因此，答案是B。