在机械成孔灌注桩施工中，吊运钢筋笼是在（）进行。

这道题目考察的是机械成孔灌注桩施工中的关键步骤顺序。我们需要根据施工流程来判断吊运钢筋笼的正确时机。

解析各个选项：

A选项（终孔后）：终孔是钻孔完成的标志，但此时孔内可能还存有较多沉渣，不适合立即下放钢筋笼，因为沉渣会影响桩的承载力和质量。
B选项（两次清孔之间）：在机械成孔灌注桩施工中，通常会进行两次清孔。第一次清孔主要在钻孔完成后进行，以清除大部分钻渣；第二次清孔则是在下放钢筋笼和导管之前进行，目的是进一步清除孔底沉渣，确保桩的成孔质量。因此，在两次清孔之间吊运钢筋笼是合理的，这样可以在第二次清孔后立即下放钢筋笼，减少等待时间，同时避免孔底再次沉积过多沉渣。
C选项（二次清孔完成后）：虽然二次清孔完成后孔内较为干净，但此时再吊运钢筋笼会增加等待时间，且如果等待期间孔内再次产生沉渣，会影响成桩质量。
D选项（下导管后）：下导管是在钢筋笼下放并固定好之后进行的步骤，因此吊运钢筋笼不可能在下导管后进行。

综上所述，吊运钢筋笼的最佳时机是在两次清孔之间，这样既能确保孔内相对干净，又能减少等待时间，提高施工效率。因此，正确答案是B。