3.1.12车辆管理所在办理机动车登记及相关业务过程中发现存在()情形的,应当及时开展调查。

选项A：涉嫌以欺骗、贿赂等不正当手段取得机动车登记的。这种情况明显违反了机动车登记的法律法规，损害了机动车登记的公正性和严肃性，应当进行调查。

选项B：存在短期内频繁补换领牌证、转让登记、转出转入等异常情形的。这些行为可能表明有人在利用机动车登记系统进行不正当操作，如套牌、洗车等，因此需要调查以确认是否有违规或违法行为。

选项C：发现申请人通过互联网办理机动车登记及相关业务存在违法违规嫌疑的。互联网办理虽然便捷，但也可能被用于违法违规行为，如提交虚假材料、身份盗用等，所以需要进行调查。

答案D：以上均是。这个选项包括了A、B、C三种情形，都是机动车管理所在办理登记及相关业务过程中应当注意并调查的异常情况。因为每一种情形都涉及到可能违反法律法规的行为，都可能对交通管理秩序造成影响，所以都应该进行调查。

选择D的原因是，机动车管理所的责任是确保机动车登记的真实性、合法性，维护正常的交通管理秩序。上述任何一种情况的出现，都表明可能存在违法行为或管理漏洞，因此都需要及时开展调查，确保机动车登记工作的合法、有效进行。选项D全面涵盖了这些需要调查的情形，是最全面和正确的选择。