3.1.1车辆管理所在办理机动车登记及相关业务过程中发现存在()情形的,应当及时开展调查。

选项解析：

A. 机动车涉嫌走私、被盗抢骗、非法生产销售、拼(组)装、非法改装的：这个选项指的是机动车存在的违法行为，这些行为都违反了机动车管理的相关法律法规，需要车辆管理所进行调查和处理。

B. 涉嫌提交虚假申请材料的：这个选项指的是在机动车登记过程中，申请人提交的材料不真实，存在欺诈行为，这同样违反了相关法律法规，需要调查。

C. 涉嫌使用伪造、变造机动车牌证的：这个选项指的是使用非法手段制作的机动车牌证，这种行为同样违法，并且影响了机动车管理秩序，需要查处。

D. 以上均是：这个选项表明，无论是涉嫌走私、被盗抢骗、非法生产销售、拼装、非法改装，还是提交虚假材料，或是使用伪造、变造的牌证，都是车辆管理所在办理机动车登记及相关业务过程中应当及时开展调查的情形。

为什么选这个答案：

选择D是因为它全面涵盖了车辆管理所在办理机动车登记及相关业务过程中可能遇到的违法行为情形。根据《机动车登记规定》等相关法律法规，车辆管理所有责任和义务对上述违法行为进行调查，以确保机动车登记的真实性、合法性，维护正常的交通管理秩序。因此，D选项是正确答案，因为它包括了所有提到的需要调查的情形。