99、党的十六大是党在新世纪召开的第( )次全国代表大会。

这是一道关于党的历史知识点的问题，我们需要准确判断党的十六大是党在新世纪召开的全国代表大会的次数。

首先，理解题目中的关键信息：“党的十六大”和“新世纪”。党的十六大指的是中国共产党第十六次全国代表大会，而“新世纪”通常指的是21世纪，即从2000年开始的这一段时期。

接下来，我们分析各个选项：
A选项（一）：党的十六大是在2002年召开的，这是21世纪（新世纪）召开的第一次全国代表大会，因此这个选项是正确的。
B选项（二）：如果选择这个选项，那么意味着在十六大之前，新世纪已经召开过一次全国代表大会，这与事实不符。
C选项（三）：同样，这个选项意味着在新世纪已经召开过两次全国代表大会，在十六大之前并没有这样的情况。
D选项（四）：这个选项更是错误，因为它意味着在新世纪已经召开了三次全国代表大会，这显然不符合党的历史。

综上所述，党的十六大是新世纪召开的第一次全国代表大会，因此正确答案是A选项（一）。