16.完善水功能区监督管理制度,建立水功能区( ),加强水功能区动态监测和科学管理。

选项解析：

A. 河湖健康保障体系：这个选项关注的是河流和湖泊的整体健康状态，虽然与水功能区管理相关，但并不是直接针对水功能区的监督管理制度。

B. 限制纳污指标体系：这个选项关注的是限制污染物排放的指标体系，它对于水功能区管理是一个重要组成部分，但它是水功能区管理的一个方面，而不是全面的监督管理制度。

C. 水质达标评价体系：这个选项关注的是水质的达标情况，是评价水功能区是否达到预定功能目标的重要手段。它涉及到监督管理制度的建立，并且通过动态监测和科学管理来确保水功能区的水质达标，是完善监督管理制度的直接体现。

D. 水环境监测体系：这个选项关注的是监测水环境状况的体系，它是水功能区动态监测的一部分，但同样，它更侧重于监测手段，而不是全面的监督管理制度。

为什么选择C：

选择C的原因在于，完善水功能区监督管理制度的核心在于确保水功能区的水质能够满足既定的功能要求。水质达标评价体系直接关联到水功能区的功能实现情况，它通过设定标准、监测水质、评价结果，来确保水功能区的水质能够达到预定的标准，从而实现科学管理。因此，建立水质达标评价体系是完善水功能区监督管理制度的关键步骤，而其他选项虽然与水功能区管理相关，但不如C选项直接针对监督管理制度的完善。