从事故的因果关系中认识必然性，发现事故发生的规律性，变不安全条件为安全条件，把事故消灭在（），这就是因果关系原则。

这道题考察的是因果关系原则在事故预防中的应用。因果关系原则是指通过认识事故的因果关系，发现事故发生的规律性，从而将不安全条件转变为安全条件，从根本上消灭事故的发生。
选项A: 早期起因阶段，指的是在事故发生之前，通过对事故起因的认识和分析，找出事故发生的根本原因，从而采取相应的措施进行预防。这个阶段是事故预防的关键，因为只有找到事故的起因，才能从根本上解决问题，避免事故的发生。
选项B: 早期预防阶段，指的是在事故发生之前，通过预防措施来避免事故的发生。这个阶段是在事故发生之前采取措施，预防事故的发生。
选项C: 早期准备阶段，指的是在事故发生之前，通过准备工作来应对可能发生的事故。这个阶段是在事故发生之前做好准备，以应对可能发生的事故。
选项D: 早期发现阶段，指的是在事故发生之前，通过发现异常情况和预警信号，及时采取措施避免事故的发生。这个阶段是在事故发生之前，通过发现异常情况和预警信号，及时采取措施来避免事故的发生。
综上所述，根据题干中提到的“把事故消灭在”，可以得出答案为A: 早期起因阶段。因为只有在事故发生之前，通过认识事故的起因，找出事故发生的根本原因，才能从根本上解决问题，避免事故的发生。