公安机关办理行政案件中以下说法正确的有（）

这是一道关于公安机关办理行政案件程序的选择题。我们来逐一分析选项： A项：虽然描述了“确有违法行为，但有依法不予行政处罚情形”的情况，但这不是本题的重点，且该描述本身虽无误，但并非本题中最直接正确的选项表述。关键在于理解题目考察的是办理行政案件的具体程序规定。 B项：明确指出“违法事实不能成立的，作出不予处罚决定”。这是公安机关在办理行政案件时，经过调查若确认违法事实不存在或不能成立，应依法作出的决定，符合行政案件办理程序规定。 C项：关于“违法行为涉嫌构成犯罪转为刑事案件办理”的表述有误。在实际操作中，若违法行为涉嫌犯罪，公安机关应直接移送司法机关处理，而非先撤销行政案件再立刑事案件。此选项程序描述不准确。 D项：提到“发现违法行为人有其他违法行为的，在行政处罚或者其他行政处理执行完毕后，通知有关行政主管部门处理”。这一做法虽在某些情况下可能适用，但并非本题考察的重点，且描述的是后续处理流程，而非行政案件办理的直接规定。 综上所述，B项最准确地描述了公安机关在办理行政案件中应遵循的程序规定，即在确认违法事实不能成立时，应作出不予处罚决定。 因此，正确答案是B。