下列行政案件公安机关应当作出处罚决定的是（）

解析：本题考察的是行政案件中公安机关应当作出处罚决定的情形。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的规定，公安机关对于甲的行为应当作出处罚决定，因为甲明显有违法行为，即偷盗自行车，且能清楚陈述作案经过和赃物的去向，表明其具有较强的作案能力和行为主动性。

选项B中，乙的年龄存在疑点，但并没有实际犯罪行为，因此公安机关不应当作出处罚决定。

选项C中，丙被控告故意破坏邻居家的汽车玻璃，但丙拒不承认且没有目击者，缺乏证据支持，公安机关难以作出处罚决定。

选项D中，丁虽然有盗窃工具，但并没有实际实施盗窃行为，因此公安机关也不应当作出处罚决定。

因此，正确答案为A。希望通过以上解析能够帮助你更好地理解行政案件中公安机关作出处罚决定的情形。如果有其他问题，欢迎继续提问哦！如果你想更深入地了解这个知识点，可以举一些生动有趣的例子，比如小偷甲为什么会被公安机关作出处罚决定，以及他的行为有哪些违法之处等等。