3.患者，女，40岁，9个月前巩膜及皮肤黄染，肝大，肋下3cm，质硬，光滑，脾大，平脐，ANA（＋），血清总胆红素90μmol/L，ACP450U/L，γ-GT200U/L，最可能的诊断是

根据题目描述，这位患者是一个40岁女性，出现了9个月前的黄疸，肝脾都有明显的增大，检查显示巩膜及皮肤黄染，肝大肋下3cm，肝脏质地硬而光滑，同时血清检查显示总胆红素升高、碱性磷酸酶（ACP）和γ-谷氨酰转肽酶（γ-GT）也升高，而ANA（抗核抗体）阳性。

让我们逐步分析：

1. **黄疸和肝脾大：** 这些症状表明肝脏受损，黄疸是由于胆红素在血液中积聚而导致的。

2. **血清检查结果：**
- 总胆红素升高：提示胆红素排泄受阻或肝细胞损伤。
- 碱性磷酸酶（ACP）和γ-GT升高：这些酶在胆道系统受损时会释放到血液中。

3. **ANA阳性：** 表明存在自身免疫性问题，常见于自身免疫性肝炎。

综合以上特征，最可能的诊断是**原发性胆汁性肝硬化（Primary Biliary Cirrhosis, PBC）**。

- **原发性胆汁性肝硬化（PBC）**是一种慢性进行性胆道疾病，特征包括肝功能异常、胆汁淤积、肝脾大、肝硬化的表现（肝脏质地硬、光滑）以及血清中胆红素和胆道酶的升高。ANA阳性在PBC中比较常见，反映了免疫系统的自身攻击性反应。

因此，根据患者的临床表现和实验室检查结果，选择答案A：原发性胆汁性肝硬化，是最合适的诊断。