某公安局在侦查国家机关工作人员韩某强奸邓某案件时，发现其巨额财产来源不明，下列说法正确的是（）

选项解析：

A. 由公安机关分别立案侦查：此选项不正确。因为巨额财产来源不明罪属于贪污贿赂犯罪，依法应由人民检察院管辖，而非公安机关。

B. 将案件并案后移送人民检察院，以人民检察院为主进行侦查，公安机关予以配合：此选项部分正确，确实应当将案件移送人民检察院，但描述不够准确。

C. 将案件并案后以公安机关为主进行侦查，人民检察院予以配合：此选项不正确。公安机关不负责侦查贪污贿赂犯罪，人民检察院才是侦查主体。

D. 将巨额财产来源不明案件移送人民检察院：此选项正确。根据中国法律规定，国家机关工作人员的贪污贿赂犯罪应由人民检察院侦查。因此，在发现韩某巨额财产来源不明后，应将此案件移送人民检察院。

答案：D

解析：选择D的原因是，根据中国刑事诉讼法的相关规定，对于国家机关工作人员涉嫌的贪污贿赂犯罪，应由人民检察院负责侦查。因此，在侦查韩某涉嫌的强奸案件过程中，若发现其巨额财产来源不明的线索，应当将这部分案件移送人民检察院进行侦查。这是符合法律规定的程序。