遇有证件不符、隐匿携带危险、违禁物品，扰乱安检现场秩序等问题，交由( )处理。

本题主要考察在机场安检过程中遇到特定问题时的处理程序和责任归属。

首先，我们分析题目中的关键信息：“证件不符、隐匿携带危险、违禁物品，扰乱安检现场秩序等问题”。这些问题涉及到公共安全、法律秩序以及可能的犯罪行为，因此需要由具有相应执法权和处理能力的机构来负责。

接下来，我们逐一分析选项：

A. 公安机关：公安机关是国家行政机关中负责社会治安和公共安全的机构，具有执法权。对于证件不符、携带危险违禁物品以及扰乱公共秩序等行为，公安机关有权进行调查、处理，并可能依法追究相关人员的法律责任。因此，这个选项与题目描述的问题高度匹配。

B. 运行管理委员会：这个机构通常负责机场的整体运行和协调，但并不直接具备处理上述安全问题的执法权。它更多地是起到管理和协调的作用，而非直接处理违法行为。

C. 安全检查总站：虽然安全检查总站是机场安检的主要执行机构，但它主要负责旅客和货物的安全检查工作，对于发现的违法行为和问题，通常需要移交给有权处理的机构（如公安机关）进行后续处理。

D. 航空安全保卫部：这个部门可能负责航空安全方面的保卫工作，但其职责范围相对有限，并不直接处理所有与安检相关的违法行为。

综上所述，对于证件不符、隐匿携带危险、违禁物品，扰乱安检现场秩序等问题，最合适的处理机构是具有执法权的公安机关。因此，正确答案是A选项：公安机关。