《铁路安全管理条例》（2013年国务院令第639号）规定，（）负责全国铁路安全监督管理工作。

这是一道关于《铁路安全管理条例》的理解题，需要分析并确定哪个机构负责全国铁路安全监督管理工作。

首先，我们分析题目并罗列重要信息：

题目出自《铁路安全管理条例》（2013年国务院令第639号）。
需要确定哪个机构负责全国铁路安全监督管理工作。

接下来，我们逐一分析选项：
A. 国务院铁路行业监督管理部门：根据《铁路安全管理条例》的相关规定，国务院铁路行业监督管理部门确实负责全国铁路安全监督管理工作。这是该条例明确规定的，与铁路安全监督的核心职责相符合。

B. 铁路总公司：虽然铁路总公司在铁路运营中扮演重要角色，但它主要负责铁路的日常运营和管理，并不直接负责全国铁路的安全监督管理工作。

C. 地方铁路局：地方铁路局是铁路运营的地方管理机构，主要负责本地区的铁路运营和管理，不具备全国范围内的安全监督管理职责。

D. 铁路运输企业：铁路运输企业主要负责铁路的客货运输服务，同样不具备全国铁路安全监督管理的职责。

因此，正确答案是A，即国务院铁路行业监督管理部门负责全国铁路安全监督管理工作。这个答案符合《铁路安全管理条例》的相关规定，并与铁路安全监督的核心职责相匹配。

综上所述，A选项（国务院铁路行业监督管理部门）是正确答案，因为它准确反映了《铁路安全管理条例》中关于全国铁路安全监督管理工作的责任主体。