根据《铁路交通事故调查处理规则》，铁路交通特别重大事故按《铁路交通事故应急救援和调查处理条例》规定由（）组织事故调查组进行调查。
答案解析
解析：
首先，理解题目中的关键信息：题目询问的是铁路交通特别重大事故应由哪个机构组织调查。
接下来，分析各个选项：
A选项（铁路局）：铁路局通常负责铁路的日常运营和管理，但根据规定，特别重大事故的调查层级要高于铁路局。
B选项（国务院或国务院授权的部门）：根据《铁路交通事故应急救援和调查处理条例》，特别重大事故的调查由国务院或国务院授权的部门组织，这是符合规定的。
C选项（事故发生单位）：事故发生单位自身进行调查显然不符合公正性和独立性的要求，因此可以排除。
D选项（总公司）：这里的“总公司”可能指的是铁路系统的上级管理机构，但根据规定，特别重大事故的调查层级应达到国家级，即国务院或其授权的部门。
综上所述，根据《铁路交通事故应急救援和调查处理条例》的规定，铁路交通特别重大事故应由国务院或国务院授权的部门组织调查。因此，正确答案是B选项（国务院或国务院授权的部门）。
相关知识点：
特重大事故国务院调查
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