《国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》规定：（ ）对预防煤矿生产安全事故负主要责任。

这是一道关于煤矿生产安全事故预防责任归属的问题，我们需要根据《国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》来判断哪个选项是正确的。

首先，我们梳理一下题目中的关键信息和各个选项：

（1）关键信息：《国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》对预防煤矿生产安全事故的责任有明确的规定。
（2）选项分析：
A. 煤矿企业负责人（包括一些煤矿企业的实际控制人）：这个选项直接关联到煤矿企业的运营和管理层，他们负责制定和执行企业的安全生产规章制度，对煤矿的日常运营和安全生产负有直接责任。
B. 煤矿安全监察机构：这个机构主要负责煤矿的安全监察和监管，虽然对煤矿的安全生产有重要影响，但其主要职责是监察而非直接负责煤矿的安全生产预防。
C. 煤炭行业主管部门：这个部门主要负责煤炭行业的整体管理和政策制定，虽然对行业的安全生产有指导和监督作用，但同样不直接负责具体煤矿的安全生产预防。

接下来，我们根据这些信息进行推理分析：

（1）根据《国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》，预防煤矿生产安全事故的责任应当落在直接负责煤矿运营和管理的主体上。
（2）煤矿企业负责人（包括实际控制人）是煤矿运营的直接决策者和管理者，他们负责制定和执行安全生产规章制度，对煤矿的安全生产负有最直接的责任。
（3）相比之下，煤矿安全监察机构和煤炭行业主管部门虽然对煤矿的安全生产有重要作用，但他们的职责更侧重于监察、监管和指导，而非直接负责煤矿的安全生产预防。

综上所述，煤矿企业负责人（包括一些煤矿企业的实际控制人）对预防煤矿生产安全事故负有主要责任。

因此，正确答案是A：煤矿企业负责人（包括一些煤矿企业的实际控制人）。