县级以上地方人民政府负责煤矿安全生产监督管理的部门、煤矿安全监察机构发现煤矿有（ ），责令停产整顿，并将情况在5日内报送有关地方人民政府。

这是一道关于煤矿安全生产管理的选择题，我们需要分析每个选项与题目要求的关联性，以及为何选择特定答案。

首先，理解题目背景：县级以上地方人民政府负责煤矿安全生产监督管理的部门、煤矿安全监察机构在发现煤矿存在某些问题时，会采取责令停产整顿的措施，并将情况报告给相关地方人民政府。

接下来，分析各个选项：
A选项（以往关闭之后又擅自恢复生产的）：这个选项描述的是煤矿在被关闭后擅自恢复生产的行为。虽然这种行为严重违反了安全生产规定，但题目要求的是“发现煤矿有（ ），责令停产整顿”，而A选项描述的是已经恢复生产的状态，而非发现时正在进行的违规行为，因此可能不是本题的最佳答案。

B选项（高瓦斯矿井没有按规定建立瓦斯抽放系统，监测监控设施不完善、运转不正常的）：这个选项明确指出了煤矿在安全生产方面存在的具体问题——高瓦斯矿井未按规定建立必要的安全系统，且监测监控设施不完善或运转不正常。这是煤矿安全生产中的严重隐患，符合题目中“发现煤矿有（违规行为），责令停产整顿”的情境。

C选项（未设置安全生产机构或者配备安全生产人员的）：虽然这也是煤矿安全生产管理中的一个重要问题，但它更多指向的是组织结构和管理层面的缺失，而非具体的、即时的安全生产隐患。与B选项相比，它可能不是导致立即停产整顿的直接原因。

因此，根据题目要求和选项分析，B选项最符合题目描述的情境，即煤矿存在具体的、即时的安全生产隐患，需要立即责令停产整顿。

综上所述，正确答案是B，因为它准确地描述了煤矿在安全生产方面存在的具体问题，这些问题足以构成责令停产整顿的理由。